Le site est définitivement abandonné le 2 janvier 1850. Puis en septembre 1860, nouvelle tentative d’évangélisation selon le témoignage du Père Poupinel dans une lettre du 30 avril 1861 : "il y a dix-huit mois on y a placé des catéchistes indigènes qui apprennent aux habitants les prières, les cantiques et les premiers éléments de la foi3." En octobre-novembre 1860, une épidémie entraîne une hécatombe sur toute la côte est et à l’île des Pins, la région de Yaté n’est pas épargnée, ce qui provoque peut-être le massacre d’un catéchiste, tenu pour responsable. Il n’y a pas de missionnaire à demeure. Yaté est l’objet de visites périodiques de la part du Père Goujon qui se déplace de l’île des Pins, et de celle du Père Chapuy qui réside de façon permanente à l’île Ouen.